5月13日，台湾地区领导人马英九访问了台湾宜兰县龟山岛，并就冲之鸟礁海域日本海上保安厅抓捕台湾渔船一事进行了谈话，他表示希望能够同日本进行谈话解决该问题，并批判日本对此事态度消极，没有采取友好态度。

此前，事件发生以后，马英九强调冲之鸟礁不是所谓的日本所强调的岛屿而是还是岩礁，因为日本不具有排他性经济水域的权利，本月1日，台湾方面已经派遣了3艘海船前往该海域进行巡视以保护台湾渔船。

与此同时，马英九还强调钓鱼岛和龟山岛一样是台湾宜兰县所属岛屿，再次强调了在钓鱼岛的主权。

以下是日本网友评论：

★如果是日本的专属经济区的话就会影响中国的海底资源的开发活动。

★日本依然可以将之提交到国际法庭去对峙，在这方面中国永远不敢。

★冲之鸟礁周边海域是否是日本专属其实直接关系到了中国的国防安全问题。

★不要以为日本好欺负。

★马英九真是个不甘寂寞的人。

★日本的领土难道日本不能说了算吗？

★这不是逼着日本去进行人工岛的建设吗？

★为什么有扯到钓鱼岛问题？

★排他性经济区是台湾说了算的吗？

★应该在国际法庭上进行讨论的。

★再次引发了日本巡视船和台湾船只的对峙，没意思。

★雷声大雨点小。

★马英九当政就不会和台湾有好的关系。

★国民党不是已经下台了吗？为什么马英九还在？