无论是百万吨级别的超级庞大的舰队，还是由2艘军舰组成的最小特遣舰队，总要有指挥中心，一般舰队中司令部所在的舰艇，就叫做司令舰或者是旗舰。旗舰设在哪里，是不是一定在本舰队吨位最大的舰艇上？这个还真不一定，如何设置旗舰，关键是看最佳实战效能。
瀚海狼山认为，中国第一支近代化的海军，即北洋舰队，在旗舰的选择上，一开始就出了问题。作为舰队司令，海军提督丁汝昌把自己的坐舰选择在了吨位最大、装甲最强的定远舰上。但是在1894年9月17日中午开始的黄海大东沟海战中，作为定远的旗舰一开始就连续出现重大不利事件。
第一，定远舰的司令舰桥，居然设在305毫米主炮炮口正上方，过去北洋舰队的演习往往当演戏，居然没有发现这是一个重大的设计缺陷。到了实战中，定远舰主力巨炮发射的第一发炮弹，其强大冲击波和炮口焰，就直接将正在司令桥上观察敌情，指挥作战的提督丁汝昌和多名随员震的人仰马翻。丁汝昌被严重的震伤和烧伤，此后持续了大半天的海战，丁汝昌都不能再指挥，这是北洋舰队海战失利的第一个重大不利。
定远发射的第一炮没有击中日本舰队，反倒把自己的司令部全打倒了。而日舰开炮后，却一发就击毁了定远舰的信号旗系统，这也是国运走下坡路时，战场具体运气也差的典型事件。司令受伤，信号旗又被毁，整个北洋舰队的指挥顿时失灵，队形大乱，自然越打越不利。
看到定远信号旗被打掉后，致远舰主动升起了司令旗，但是事先似乎并无此约定，致远舰的司令旗不但没有整理好北洋混乱的队形，反倒立即招来了日本联合舰队实力最强的游击分队4舰的围攻，最终致远舰想撞击吉野，不成而壮烈沉没。



大东沟海战后，各海军强国总结胜败双方的经验教训。认为将司令舰放在吨位最大，装甲最厚的主力战列舰上，未必是最佳选择。因为主力战列舰的吨位大，目标也大，最容易招惹对方舰队的集火射击和鱼雷攻击，因而可能最先损失，很容易出现一开战就像定远舰一样被打掉指挥能力；而且战列舰的运动速度一般较低，很难现场观察战场形势，指挥全舰队去抢占最有利的T字头位置。因此很多国家舰队的司令部，开始设置在运动更快的装甲巡洋舰上。这种舰艇在整个大舰队中往往不起眼，不容易引来集火攻击，运动速度也快，有利于战场机动指挥。
不过装甲巡洋舰的抗打击能力远远不如正规战列舰，这种隐蔽的司令舰在战场上上蹿下跳，自然也免不了挨上几发重型炮弹，一旦被命中司令塔，也有直接被干掉指挥部的嫌疑。
因此后来有的大国海军，又多选择将舰队司令部设在战列巡洋舰这类舰艇上。以求提高综合生存率。



美国海军在二战中打过规模最大的激烈海战，在这方面的经验最多。后来美国海军形成制度，一般的特遣舰队，实行双司令部体制，舰队司令和副司令分别处以不同的两舰，司令一旦重伤或者阵亡，则副司令立即接替指挥权。若舰队中有大型航母，则实行三司令部制度，第一司令一般不在最大的航母上，在激烈的海战中依次按顺序指挥和互为备份。
在当代一艘军舰能否当司令舰，其先进程度也非常重要。比如8400吨的现代级会受系统更先进4500吨的054A指挥。随着我军先进的055和国产航母越来越多，自然也会实行舰队双司令部甚至是3司令部制度。