日本政府要求联合国教科文组织对此慎重应对，但没有被接受。

根据联合国教科文组织公布的中国申报资料，中国申报的对象包括当时日军士兵拍摄的照片、美国神父的录像以及中国女性的日记等。

关于南京事件，日中围绕牺牲者人数存在不同见解。该事件档案申遗成功，容易给中方的历史认识提供“筹码”。

另一方面，中国同时申报的“慰安妇档案”没有被列入名录。将来中国仍有可能通过再次申请，让慰安妇档案获得认证。韩国也寻求明年将日本殖民地时代的“强制动员”记录申报记忆遗产。日本政府似乎将继续被迫应对以联合国教科文组织为舞台的“历史战”。

日本广播协会10月10日报道称，日本外务省发言人川村泰久就联合国教科文组织将“南京事件”相关档案列入《世界记忆名录》一事发表谈话说：“中方文件的完整性和真实性上明显存在问题。作为一个中立和公平的国际机构，将此列入记忆遗产是有问题的，日方表示极为遗憾。将要求联合国教科文组织进行制度改革，避免其事业被政治利用。”

共同社10月10日报道称，鉴于联合国教科文组织将“南京事件”相关档案列入《世界记忆名录》，中国获得了一张新的“历史牌”。有分析认为，中国将在历史认识问题上寻求国际舆论支持，日本政府将被迫进行应对。

此次申遗成功，可以说是让世界认识到包括“30万以上”南京事件遇难人数在内的“日本军国主义罪行”的绝好材料，中方很可能会加以政治利用。

日本《产经新闻》10月10日报道称，由于中国申报的“南京大屠杀相关档案”被列入《世界记忆名录》，日本政府人士表示“将采取坚决措施”，准备考虑临时冻结向联合国教科文组织交纳会费。

2014年度联合国教科文组织预算中的日本会费分担率为10.83％，仅次于美国的22％，金额达到约37.18亿日元（1日元约合0.05元人民币——本网注）。由于美国停止交纳会费，所以日本交纳的会费事实上是最高的。日本还向联合国教科文组织各项事业提供资金支持，2014年度日本政府有关联合国教科文组织的预算约达54.33亿日元。

而中国的会费分担率为5.14％，只有日本水平的一半，排在第六位。